本港部份地區鼠患嚴重，申訴專員公署主動調查食環署防治鼠患成效，發現部份前線員工使用有毒鼠餌時，沒有在包裝袋打上小孔，以散發香味，有承辦商人員卻指老鼠會自行扯開包裝袋進食鼠餌，但食環署前年已規定鼠餌包裝上須打孔，若違反會被視為嚴重失責，而且已製作滅鼠短片供參考。
申訴署認為顯示他們對正確使用有毒鼠餌的理解嚴重不足，直接影響成效，「難言有關不足是否只屬冰山一角」，建議加強培訓。
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另外，食環署現時每半年一個周期調查鼠患指數，但申訴署指老鼠繁殖力強，棲息習慣亦直接受周遭環境衞生影響，「容易出現數據滯後」，應增加每年進行調查的次數，而鼠患指數應在設計上應多方面反映鼠患嚴重程度，亦可邀請本地大學等研究，探討制訂更全面的「綜合鼠患指數」。
申訴署亦關注街市及後巷兩大潛在鼠患熱點，雖然食環署表示於去年1月起加強執管工作，但申訴署於同年視察個別街市時，發現不同程度的衞生問題，包括收市後個別攤檔外有垃圾堆積、雜物及海鮮殘渣，絕大部份顯然是附近商販所遺留及棄置，變相將攤檔的清潔責任轉嫁該署的清潔承辦商；而食環署只向違規租戶口頭警告，執管工作成效難免存疑。
申訴署亦曾派員到深水埗、灣仔及元朗區視察，發現部份後巷滿佈不同類型的雜物及垃圾、有污水溢出及傳出異味，亦有食肆員工疑似洗滌物品及處理食物。署方認為食環署應先檢視現行監察接連後巷的商舖，特別是食肆潔淨程度的機制是否有效。若有需要，食環署應將針對後巷鼠患問題的特別行動常規化、提升巡查頻次及執管行動力度等。
