西隧於三隧分流分時段收費實施後首個工作日（18日）便出現問題，有4,700架次車輛被「收錯錢」，署理行政長官陳國基周二（19日）指，初步調查懷疑有人干預電腦系統，已請警方主動介入調查。
運輸署昨日（22日）指，調查顯示隧道費服務商負責系統的職員為分時段收費實施而進行更新收費表時，沒有即時清除舊有「633收費表」指令，「收錯錢」另一名負責營運的職員錯誤核批舊有指令而造成錯誤；根據警方調查發現，事件不涉及刑事成份。
運輸及物流局局長林世雄今早（23日）出席商台節目時，形容事件為大錯誤，但強調系統沒有結構性問題。他又指，雖然有關工作屬外判，但仍是政府工作，因此政府仍要負上責任。
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運輸署表示，已在周三（20日）向隧道費服務商管理層就事件表達強烈不滿，而服務商亦按運輸署指示採取即時措施，加強監察系統的正常運作，防止系統被干預，包括內部人為錯誤干預或外來惡意干預。服務商亦已作出內部懲處，包括對相關人員作書面警告及終止主管人員的職務。
另外，運輸署又指會安排獨立審計，檢視服務商的系統操作流程，以及已經在系統操作關鍵流程中加入須取得運輸署許可的雙重認證，確保同類事件不再發生。
