疫情之下，城際直通車已經停駛兩年多，更有可能「不辭而別」。據報港鐵近期已將想轉職的直通車客運部門員工調往其他崗位，港鐵亦有意在短期內解散城際直通車的客運部門，估計直通車會永久停駛，完成超過110年的歷史任務。
《有線新聞》和《香港01》同時引述消息報道，表示城際直通車在高鐵通車後，乘客量已經下跌，港鐵計劃永久停運直通車。《香港01》指，港鐵已暫停雙層九廣通列車的恆常檢查、維修等保養，與鐵道專頁「Riders」周日的報道相同。
立法會議員田北辰向《有線》表示，他所得到的消息是，將來高鐵將會一班開往廣州南、一班開往廣州東站（即現時廣九直通車的起點和終點），因此待基建興建好後可以取消直通車，屆時原本共用路軌的東鐵綫，早上上班時將可每小時增加1班車。
現時城際直通車包括往廣東、北京和上海3條路線，其中廣九直通車服務可追溯至1911年，至今已超過110年歷史。
運輸及房屋局回覆查詢時僅重申，高鐵香港段及城際直通車服務已於2020年1月底起暫停，政府會繼續密切留意兩地疫情發展，適時就恢復跨境列車服務作全盤考慮。
