政府宣佈，食物及衞生局、衞生署及醫院管理局轄下13類指定醫療處所（見下表），將於6月13日起以行政方式實施疫苗通行證。未接種疫苗的服務使用者，須出示48小時內採樣的核酸檢測陰性結果，才能進入醫療處所；診所訪客（包括服務使用者的照顧者）必須符合疫苗通行證要求，不得以到訪前檢測作為替代安排。
屆時在指定處所接受服務的服務使用者及訪客，須按處所人員要求出示疫苗接種紀錄（包括康復紀錄）、醫學豁免證明書（視乎情況而定）或核酸檢測陰性結果證明，供處所人員檢查，但無須掃描「疫苗通行證」二維碼。
政府表示，如服務使用者及訪客進入指定醫療處所是為了領取快速測試套裝、接受COVID-19檢測或接種COVID-19疫苗，可獲豁免疫苗通行證安排。
政府發言人強調，疫苗通行證安排不會阻礙有需要的病人或傷者接受緊急醫療服務，又指長期病患者在染疫後一般有較大風險患上重症，甚至死亡，加上確保醫療處所正常運作是香港防疫抗疫的重要一環，因此有必要為醫護人員及病人建立保護屏障。
6月13日起實施疫苗通行證的13類醫療處所
1. 醫管局專科門診診所；
2. 學生健康服務中心及健康評估中心;
3. 婦女健康中心；
4. 口腔健康教育事務科資源中心；
5. 旅遊健康中心；
6. 紅絲帶中心；
7. 健康促進處地區中心；
8. 美沙酮診所；
9. 公務員診所；
10. 政府牙科診所及牙齒矯正科診所；
11. 公務員綜合健康中心；
12. 地區康健中心；
13. 地區康健站。
不實施疫苗通行證的醫療處所
1. 急症室
2. 醫管局普通科門診診所
3. 醫管局轄下中醫診所暨教研中心
4. 衞生署母嬰健康院
5. 長者健康中心
6. 學童牙科診所
7. 遺傳輔導診所
8. 遺傳篩選診所
9. 胸肺科診所及X光中心
10. 社會衞生科診所
11. 愛滋病輔導及測試服務
12. 綜合治療中心
13. 兒童體能智力測驗中心
14. 洗腎中心、日間化療中心、老人科日間醫院現時已實施同日快速抗原測試安排，疫苗通行證安排亦不適用。
